方孝孺師從「開國文臣之首」的翰林學士（正五品）宋濂，歷任陝西漢中府學教授（從九品1392-1398年），翰林侍講（正六品1398-1399年），侍講學士（從五品，1399-1400年），直至按照《周禮》更定官制，將侍講學士和侍讀學士（皆為從五品）合併為文學博士，並升任文學博士（正五品，1400-1402年）。建文年間（1399-1402年）擔任建文帝的老師，主持京試，推行新政。

幼聰慧，6歲能詩，人奇其才。呼為「小韓子」15歲隨父兄北上濟寧，勵志攻讀。及長，承學於宋濂，深受器重。洪武十五年（1382），東閣大學士吳沉等起薦方孝儒，應徵至京，在奉天門奉旨作《靈芝》、《甘露》二詩，甚合上意。賜宴時，太祖朱元璋有意使人欹斜幾具，試其為人，方孝儒正之而後坐。朱喜其舉止端莊，學問淵博，有期待日後輔佐子孫之意，厚禮遣回鄉。此後十年，居家讀書寫作，著《周易考次》《宋吏要言》等篇。31歲時，仇家於叔爭訟，詞連孝儒，官府籍其家，械押至京問罪。朱元璋見孝儒名，特名釋放，洪武二十五年，再次受薦，授漢中府學教授，深為蜀獻王賞識，聘為世子師。洪武三十一年，朱允繼位，召孝儒入京，任翰林侍講學士，次年，值文淵閣，尊師以禮，帝讀書有疑，即召講解。凡國家大事，常命孝儒就坐前批答，時宮中纂修《太祖實錄》及《類要》，孝儒任副總裁。後調文學博士，奉命與董倫、高遜志等主持京考。