黃龍玉作為新發現玉器品種，繼新疆和田玉、青海玉、俄羅斯玉之後以顏色取得玉器收藏家的喜愛，黃龍玉屬於他色寶石，根據產生顏色的成因機理不同，他色寶石又可分為原生色和次生色。原生色指礦物在內生地質作用過程中形成的顏色；次生色則是指礦物在表生風化作用過程中由於不同的機械混入物的加入而呈現出不同的顏色，而黃龍玉的成色機理就是次生色。
  黃龍玉礦床形成具有多階段性，因為地殼構造運動的多期次性，所以每次的熱液的成分可能有所不同，比如有的富含黃鐵礦，則呈現出磚紅色，有的富含銅的硫化物則呈現出橘紅色。在龍陵所產出的黃龍玉的顏色形成有兩種情況。

    第一種是近地表黃龍玉原生礦或者說是裸露的原生礦以及在河床沉積的次生礦，在其表面的黃色、橘黃色、紅色、灰色的色調的飽和度高，內部則是呈向淺色漸變，越來越淺直至變成灰白或者灰黑色。其原因就是次生色的形成過程。即先形成黃龍玉的顏色是白色，然後是不同層次、不同飽和度的黃紅顏色的形成，隨著長時間的累積變化，最外層的黃或紅顏色最深，越往下越淺，直至灰白。在已出現的黃龍玉顏色中，紅褐色、黃褐色、紅色、橘色、黃色等，多為赤鐵礦和褐鐵礦經過漫長地質年代經由石英巖顆粒間的縫隙或裂隙侵入、浸染所致。

    黃龍玉另一種成色則是由於鐵的氧化物在重結晶和失水後形成灰色的赤鐵礦而形成的。如鎮安產的黃龍玉。除此之外，黃龍玉「水草花」其實質是黑色的錳質沉澱。即錳元素在成巖過程中，形成了複雜的具有花邊構造的錳的沉積物。
黃龍玉的形成，是因為石英脈、玉髓脈礦體中的黃鐵礦硫化亞鐵的二價鐵離子受氧化後轉化成三價鐵離子，其礦體在氧化環境下，自然優化轉色為黃龍玉。故而，在黃龍玉形成過程中，外源氧化優化黃龍玉礦體就顯得極為重要，這也是對黃龍玉玉質優劣起決定性作用的一環。
  在鑒評黃龍玉的過程中，經常會出現「熟度不夠」、「未熟」等字眼，這其實說的就是黃龍玉因外源氧化條件不佳，或者沒有孕育成熟被採挖，使得黃龍玉礦體沒有被充分氧化。這種情況下出產的只能是一般玉質的黃龍玉甚至是一般的玉髓。

     另外一種情況就是，體量越大的黃龍玉料，其沒有充分氧化的可能性越大。一般此種情況的表現就是大塊度的玉料表皮優化轉色為優質黃龍玉，但是其內部由於氧化不充分而出現大量的白棉，玉質很差。這時，其自身價值也隨之降低。當然這種情況並不是絕對的，並不是說所有的塊度大的黃龍玉料都是外源氧化不充分的玉料，也不能肯定的說，表皮優質的大體量黃龍玉內部玉質就差。只不過體量大的黃龍玉料能夠被充分氧化轉色的較少。