以收藏金石銅器著稱於世，據其自稱：“回憶四十年中所搜羅，加以親知投贈，雖不敢自誇其富，抑亦一生心血所積也。”2他收藏有冊冊父乙鼎、吳父王壺、師酉敦、庚鼎、商盤、田父卣等六七百種吉金，其中最為珍秘的是齊侯罍。在咸豐年間（1851-1861）。吳雲因藏有原蘇州曹秋舫懷米山房舊藏的西周齊侯中罍，特築抱罍室收藏此器；同治年間（1862-1874），又得一件阮元積古齋舊藏齊侯罍。因其藏有齊侯罍兩件，故將所居西館題為“兩罍軒”。抱罍室與兩罍軒兩塊匾額均由何紹基為其書寫。

　　西周的齊侯罍“器高今尺1尺2分，深8寸7分，底徑5寸8分，腹圍2尺2寸，腹徑6寸7分，口徑4寸3分，環徑2寸7分。重今庫平160兩左右，饕餮啣環”。器形呈束頸寬腹圈足式，兩側有饕餮啣環。銘文在腹內，且器面剝蝕，罍文間有漫漶，難以辨識。此罍為周代青銅名器，是“齊侯朝於王，王為立樂，因報聘於齊，陳氏為作部樂祭於廟，以迎天子之賓，而行饗禮之事”。存銘文160餘字，原為阮元舊藏。另一西周齊侯中罍，原為曹秋舫舊藏，存銘文140餘字。此二器大同小異，蓋同時而作。齊侯罍是記饗禮，齊侯中罍是記饗禮，二罍現藏在上海博物館。吳雲得此兩件寶罍，可謂“煊赫於時，為世大寶”，名聲大振。同治壬申（1872）三月，晚清著名金石文字學家、大收藏家、山東濰縣的陳介祺對於齊侯兩罍銘文心儀已久，慕名來信向吳雲索要拓本，二罍及新得之器均求精拓悉寄”。

　　四月，吳雲致陳介祺信中曰：“弟入官後雖一行作吏，而簿書之暇日仍與翰墨為緣。癸丑庚申兩遭兵燹，舊藏散失過半，而亂後搜羅新得，頗亦不少。積古齋中齊侯罍之外如師酉敦、祿康鍾、歐尊、虎卣等器，載於款識者約二十種盡在寒齋。嘉興張氏‘清儀閣’中漢印四百鈕，沈匏翁古鏡百餘面，亦均為弟所有……承詢拙著，庚申之變已梓者固片版無存，所有叢殘稿本及藏書五萬卷亦全陷賊中。金石書畫約存十之四五，合之新得尚足自娛。 
十年以來專注者惟《兩罍軒吉金圖釋》一書，其中頗有所發明，或希冀可以傳後……”吳雲還藏有師酉敦器，與兩罍同聞名於世，故其有“師西二敦之齋”收藏印。師酉敦“器高今尺4寸7分，深3寸2分，口徑5寸4分，腹徑6寸8分，圍2尺1寸1分，底徑5寸8分。重今庫平112兩。銘文有108字”。

　　吳雲、陳介祺、潘祖蔭、吳大澂、張廷濟、葉志詵、鮑康、王懿榮都是當時古玩界大腕、收藏大家，也是晚清至民國青銅器收藏和研究的中堅力量，他們的研究及著作，如吳雲的《兩罍軒彝器圖釋》.潘祖蔭的《攀古樓彝器款識》，吳大溦的《恆軒所見所藏吉金錄》和陳介祺的《籃齋吉金錄》都代表了當時的最高水平，極大地推動了整個行業的發展。

　　陳介祺（1813-1884），字壽卿，號齋，山東濰縣人十九世紀最著名的收藏家之一。他官至翰林院編修，一生酷嗜古物，收藏宏富，又精墨拓，生平愛好三代金石文字，與吳式芬、吳雲為友，相互商定，尤能發前人所未發。著有《齋吉金錄》、《十鍾山房印舉》、《簋齋藏古目》等。其還以最早收藏毛公鼎（內壁銘文多達497字）及一大批商周青銅器及秦漢古印而名播天下。從1872年至1882年十年間，吳雲與陳介祺魚雁頻繁，兩位金石摯友交流金石碑拓、彝鼎漢印，同道互契，推誠相見，後世傳為佳話。咸豐六年（1856）吳雲刊的《二百蘭亭齋考藏金石記》，兩罍文圖釋中考釋以陳頌南（慶鏞）2篇為準，到同治四年（1865）編的《兩罍軒彝器圖釋》.吳雲採納了陳介祺對兩罍的考釋，可見陳氏精審淵博，勝於同儔。吳雲對陳介祺推崇備至，在寫給陳氏的信中稱：

　　“執事收藏雄富，尤絕古今，猶博訪廣搜，孜孜不倦，遂使墨林瑋寶不脛而至”。他對吳大澂說，“當今金石之學定推壽卿，收藏之富，尤絕古今”；對潘祖蔭說，“論海內收藏之富，如吾齋兄者，不特當世無匹，直欲空前絕後”。吳雲與大收藏家陳介祺每月通信一二通，內容皆涉及摹刻三代文字。

　　潘祖蔭與吳雲是姻親，潘祖蔭的堂弟潘祖頤是吳雲的女婿。

　　吳雲與潘祖蔭每月通信多者三四通，少者一二通，“金石外無語”。潘祖蔭（1830-1890），字伯寅，號鄭盒，清代吳縣人。咸豐二年（1852）進士。授編修，歷任侍讀學士、工部尚書、軍機大臣等。著有《滂喜民齋叢書》《攀古樓彝器款識》等。潘祖蔭是古玩字畫大收藏家，圖書金石收藏甲於吳中，聞名南北，在收藏界，人稱“潘神眼"。他還是一位成就卓越的金石收藏家與研究家，他收藏的國寶級文物大盂鼎、大克鼎，現藏在故宮博物院，是我國青銅器至尊、頂尖的藏品。潘祖蔭與濰縣陳介祺被並譽為“南潘北陳”。吳雲贊其曰：“執事讀破萬卷，動位正隆，餘事所及，足以領袖群賢，主盟壇坫，而猶孜孜不倦，虛懷採納，求之古今名臣中，當與歐陽公、阮文達抗席爭輝。”

　　吳大激（1835-1902），字止敬、清卿，號恆軒，別號恪齋、白雲山樵。江蘇吳縣人。進士出身，官至廣東、湖南巡撫。中日甲午戰爭中兵敗革職。清末金石學家，古文字學家他收藏古物甚豐，善於將實物與文獻相對照來研究金石文字。

　　著有《恪齋集古錄》《恆軒所見所藏吉金錄》《古玉圖考》等。

　　吳大激與吳雲也有30多年金石文字之交，他曾坐館吳雲家商榷文史、研考名跡。

　　濟（1768-1848），原名汝霖，字順安，號叔未，晚號眉壽老人，室名八磚精舍，浙江嘉興人。嘉慶三年（1798）解元。清代金石學家、書法家。精金石考據之學，尤擅長文物鑒賞，收藏鼎彝、碑版、書畫甚豐。著有《金石文字》、《清儀閣所藏古器物文》、《清儀閣金石題識》《清儀閣古印偶存）等。

　　吳雲與張廷濟亦是忘年交，雖張廷濟年長43歲，但兩人交往相當密切。張廷濟的長孫敬仲曾受業於吳雲，故吳雲與張廷濟有“通家之誼”，且清儀閣的文物古玩，後大半歸吳雲所有。

　　《兩罍軒藏器目》著錄吳雲收藏有青銅器60件，如冊冊父乙鼎、庚午父乙鼎、邾公輕鍾、祿康鍾、伯顴父鼎、師田父尊魚父已尊、父丁彝、齊侯罍、父虎戊卣、庚卣、師酉敦、惠敦伯到敦、祖辛觚、父辛觚、手執中觚、魚觚、父辛爵、父已觶、雙爵父辛觶、庚觶、舉丁觶、吳父王壺、愛盉、虢季子壺伯舂盉、芮太子盦、魯伯俞盦、齊侯區、齊侯盤、高陽左戈、瞿、朕作矛、農器、秦度量殘銅等。

　　《二百蘭亭齋考藏金石記》

　　分4冊，共收藏自商至唐金石銅器共41件，第一冊有商代鼎、彝、卣、觚、壺、爵、觶14件；第二冊記錄周齊侯罍1件重器，對其銘文作了頗為詳細的考證；第三冊有周漢時期的卣、官鉤、敦、簋、尊、鬲、觶、盤、瞿、壺20件；第四冊有漢代的鋅、刁斗、錢范6件。此書由清朝學者海寧許褳用篆文題名，晚清書法家、吳雲老師葉志詵作序，序中稱吳雲“皮藏之富，固不待言，其中吉金器半為積古齋舊物，類皆希世之寶”。

　　書中每件銅器都有線描器形圖和銘文拓片，有尺寸說明，有釋文，有考證文字，考據非常精確。如庫卣銘“鍍歷”二篆字，從前各金石家都作“蔑歷”，今吳雲在書中根據許慎《說文》解釋為“鑊歷”，足以破解千古之疑。又如“拿”之為器，《宣和博古圖》記載有20種，年代都是周代，謂今世與古既遠，知之者很少，周以後此器有沒有流傳，所以無銘文可考也。吳雲以錢幣上文字為根據，彌補了《宣和博古圖》所載20種沒有記周全的銘文。所以葉志詵總結道：“凡可訂證經史者，指不勝數。凡平齋此書有功於金石之學，豈淺哉？”

　　《兩罍軒彝器圖釋》12卷5冊，此書收錄吳雲索藏的鼎彝古器103件，並進行了詳細圖解和文字考證。“凡一器一銘，莫不鉤摹格刻；意有所疑，則博稽經史，以相證明。

　　此書以時間為順序，第12卷為商代的鼎、彝、卣、爵、觚、觶、壺19件；第3卷為周代的鍾、鼎、尊、彝8件；第4、5卷為周代齊侯罍2件重器，每件專卷考述；第6、7卷為周代的卣、敦、壺、簋、簫、盉、鬲、畫20件；第8卷為周代盞、盤、瞿、戈、農器8件；第9卷為秦漢的度量、鼎、洗、鐙、鼓、鋅、熨斗8件；第10卷為漢代虎符、弩機、錢范等10件；第11卷是漢代各式鈞20件；第12卷為魏晉唐熨斗、虎符、魚符、兔符和吳越的舍利塔8件。吳雲經過十餘年編訂考釋，在咸豐六年（1856）《二百蘭亭齋考藏金石記》的基礎上刪去石刻五種，始成此書，並於同治十二年（1873）付梓。尤為可貴的是，吳雲親自參與繪製器形圖。該書扉頁由樸學大師俞樾用篆書題名，書則由馮桂芬、俞樾、沈秉成作序，目錄前面還有一幅兩罍軒主人63歲時的畫像，是吳俊為吳雲所畫。

　　吳雲自序日：“愛出篋中所藏，上自商周，下訖五季，無款識者不錄；涉疑似者必汰，厘為12卷。囑世好汪嵐坡茂才泰基、張玉斧上捨，精心鉤摹。二君好學深思，能於器之形制、篆文不爽毫髮，非直為觀美也，亦藉是以助考鏡之資耳。”俞樾稱此書“蓋於阮氏積古齋後又成一鉅……其中戮瞿兩器，即顧命七兵之二，歷三千餘年，鄭孔諸大儒所不能言者，而今得見之，古器之裨益經義，為不淺矣。兩齊侯罍乃君所以名其軒者，故為說加詳，足補古饗禮、食禮之缺。”現代著名金石學家林鈞在《石廬金石書志》卷八如是評價此書：“齊侯兩罍為吉金大器，乃公所以名其軒者。故為說均特詳。至於大小輕重，悉權度而並載之。誠阮氏積古齋後又一巨觀也。”